В связи с этим экологи высказывают предположения о возможности возникновения различных экологических осложнений в будущем. Опасность кроется в вероятности неконтролируемого распространения потенциально опасных генов, переносчиками которых могут стать бактерии и вирусы. Это может нанести глобальный и непоправимый ущерб окружающей среде, так как «выпущенные на свободу» гены невозможно будет вернуть назад.

Несовершенство способов внедрения чужеродных генов не позволяет контролировать их влияние на человека, что может стать причиной развития множества тяжелых заболеваний, в том числе онкологических.

Генетически модифицированные компоненты в продуктах питания могут стать чумой XXI века, более медленного развития, но от этого не менее смертоносного, чем настоящая чума.

На основании этого учеными всего мира, в том числе и России, поднята тревога. В связи с этим в Евросоюзе недавно приняты новые правила выращивания генетически измененных продуктов, согласно которым производители должны обеспечивать чистоту как трансгенов, так и натуральных продуктов, то есть не допускать смешивания сырья. Подобное смешивание может произойти не только при совместном выращивании или перекрестном опылении соседствующих посевных, но и при неаккуратном сборе урожая или совместном хранении продуктов натуральных и генетически измененных.

Еврокомиссия рекомендует фермерам устанавливать пыльцевые барьеры вокруг посевов генетически измененных растений (зеленые ограждения и т. п.). Кроме того, для предотвращения нежелательного опыления рекомендуется на соседних фермах выращивать растения с разным временем цветения.

Помимо рекомендаций по выращиванию и хранению трансгенных продуктов, Еврокомиссия утвердила также новые правила их сертификации и маркировки. Все члены Евросоюза должны привести свое законодательство в соответствии с данными правилами в течение 6 мес.